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Database Core Structure: (Click on the image to view table descriptions)

DASR_schema bedfilebedfile method genome experiment researcher

 

Table descriptions:

Summarybed table: storage of queriable bed files. Back to top

SUMMARYBED TABLE
Fields Type Null
summarybed_id int(11)        NO   
 bedfile_id  int(11)  NO
 chrom  varchar(16)  NO
 chromstart  bigint(20)  NO
 chromend  bigint(20)  NO
 name  varchar(32)  YES
 score  int(11)  YES
 strand  enum('+','-')  YES
 thickstart  bigint(20)  YES
 thickend  bigint(20)  YES
 itemrgb  varchar(16)  YES
 blockcount  bigint(20)  YES
 blocksizes  varchar(32)  YES
 blockstarts  varchar(32)  YES

Experiment table: Keeps track of individual experimental sessions. Back to top

EXPERIMENT TABLE
Fields Type Null
 title           varchar(128)   NO   
 researcher_id   int(11)        YES  
 exp_date        datetime       NO   
 create_date     datetime       NO   
 keywords        text           YES  
 description     text           YES  
 bedcount        int(11)        YES  

Bedfiles tables: Record information about each bed file. Back to top

BEDFILES TABLE
Fields Type Null
bedfile_id                    int(11)        NO   
 experiment_id                 int(11)        NO   
 method_id                     int(11)        YES  
 genome_id                     int(11)        YES  
 filetype                      varchar(32)    YES  
 name                          varchar(128)   NO   
 upload_date                   datetime       NO   
 expiration                    datetime       YES  
 header                        text           YES  
 descr                         text           YES  
 token                         varchar(32)    YES  
 token_expires                 datetime       YES  
 overlap_counts_chart_url      text           YES  
 overlaps_per_read_chart_url   text           YES  
 is_reference                  tinyint(4)     NO   

Genome table: Stores information on the genome builds. Back to top

GENOME TABLE
Fields Type Null
genome_id       int(11)       NO   
 name            varchar(64)   NO   
 researcher_id   int(11)       YES  
 clade           varchar(50)   YES  
 org             varchar(50)   YES  
 db              varchar(50)   YES  

Method table: stores the different methods generated the bed files. Back to top

METHOD TABLE
Fields Type Null
method_id   int(11)       NO   
 name        varchar(64)   NO   

Researcher table: list of individuals who have access to DASR. Back to top

RESEARCHER TABLE
Fields Type Null
researcher_id   int(11)        NO   
 email           varchar(128)   YES  
 firstname       varchar(64)    YES  
 lastname        varchar(64)    YES  
 username        varchar(32)    NO   
 approved        tinyint(4)     NO   
 admin           tinyint(4)     NO   
 pword_hash      char(64)       NO